- 총회
- 평의회
- 집행이사회, 시무처
- 회원인사위원회
- 재정위원회
- 학술위원회
- 정책개발위원회
- 의학용어개발 및 표준화위원회
- 제1분회
생리학, 생화학분자생물학, 약리학
- 제2분회
기생충학, 미생물학, 병리학, 해부학
- 제3분회
법의학, 예방의학, 의사학
- 제4분회
가정의학, 내과학, 소아청소년과학, 신경과학, 재활의학, 정신건강의학, 피부과학
- 제5분회
비뇨기과학, 삽부인과학, 성형외과학, 안과학, 외과학, 이비인후과학, 정형외과학, 흉부외과학
- 제6분회
마취통증의학, 방사선종양학, 영상의학, 응급의학, 직업환경의학, 진단검사의학, 핵의학
- 제7분회
간호학, 보건학, 약학, 영양학, 치의학
- 감사
- 독립위원회